AA 野生种花生Ty1-copia 类反转座子RT 基因的克隆与序列分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-12-19 合作期刊: 《广西植物》

蔡铁城 刘俊仙 张冲 刘菁 阳太亿 蒋菁 贺梁琼 韩柱强 唐荣华 庄伟建 熊发前

摘要： 该研究旨在克隆 Ty1-copia 类反转录转座子 RT 基因，为分离花生属 Ty1-copia 类反转 录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT 基因的保守区设计简并引物，以两 份 AA 染色体组野生种花生“Arachis duranensis”为试材，利用 PCR 扩增其基因组 DNA，回 收、克隆和测序目的条带后，对所获得序列进行生物信息学分析。结果表明：（1）目的条 带大小约为 260 bp 大小，分别从两份野生种花生材料中克隆到 41 条和 27 条 RT 基因序列， 68 条序列的长度变化范围为 256 ~270 bp，AT 所占比例范围为 55.86%~68.42%，AT 与 GC 比例范围为 1.27~2.17，核苷酸序列间相似性范围为 49.8%~99.2%，存在较高异质性。（2） 68 条序列被划分为 6 个家族，家族Ⅰ和Ⅳ为主要成分。（3）68 条序列中的 19 条发生了无 义突变，Arachis duranensis（PI219823）要比 Arachis duranensis（PI262133）的无义突变率 高。（4）氨基酸序列间相似性范围为 4.7%~100%，呈现高度异质性。（5）各家族中代表 序列的蛋白质三级结构在整体构型上一致，但在螺旋结构数、折叠结构数、转角数和氢键数 上存在较大差别。（6）序列间保守基序总体一致，但也存在一定变异，呈现一定异质性； 系统进化树将 68 条序列分为 10 类，大部分序列都聚在 A 和 B 两大类中。（7）另有部分 AA 染色体组野生种花生的 RT 基因序列与其他物种植物的 RT 基因序列亲缘关系较近，推 测不同物种植物之间可能发生过 Ty1-copia 类反转录转座子的横向传递。该研究为花生属基 于 Ty1-copia 类反转录转座子的新分子标记开发和应用奠定基础。

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