摘要: 该研究旨在克隆 Ty1-copia 类反转录转座子 RT 基因,为分离花生属 Ty1-copia 类反转
录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT 基因的保守区设计简并引物,以两
份 AA 染色体组野生种花生“Arachis duranensis”为试材,利用 PCR 扩增其基因组 DNA,回
收、克隆和测序目的条带后,对所获得序列进行生物信息学分析。结果表明:(1)目的条
带大小约为 260 bp 大小,分别从两份野生种花生材料中克隆到 41 条和 27 条 RT 基因序列,
68 条序列的长度变化范围为 256 ~270 bp,AT 所占比例范围为 55.86%~68.42%,AT 与 GC
比例范围为 1.27~2.17,核苷酸序列间相似性范围为 49.8%~99.2%,存在较高异质性。(2)
68 条序列被划分为 6 个家族,家族Ⅰ和Ⅳ为主要成分。(3)68 条序列中的 19 条发生了无
义突变,Arachis duranensis(PI219823)要比 Arachis duranensis(PI262133)的无义突变率
高。(4)氨基酸序列间相似性范围为 4.7%~100%,呈现高度异质性。(5)各家族中代表
序列的蛋白质三级结构在整体构型上一致,但在螺旋结构数、折叠结构数、转角数和氢键数
上存在较大差别。(6)序列间保守基序总体一致,但也存在一定变异,呈现一定异质性;
系统进化树将 68 条序列分为 10 类,大部分序列都聚在 A 和 B 两大类中。(7)另有部分
AA 染色体组野生种花生的 RT 基因序列与其他物种植物的 RT 基因序列亲缘关系较近,推
测不同物种植物之间可能发生过 Ty1-copia 类反转录转座子的横向传递。该研究为花生属基
于 Ty1-copia 类反转录转座子的新分子标记开发和应用奠定基础。
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分类:
生物学
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植物学
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应用植物学
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引用:
ChinaXiv:202112.00144
(或此版本
ChinaXiv:202112.00144V1)
DOI:10.12074/202112.00144V1
CSTR:32003.36.ChinaXiv.202112.00144.V1
- 推荐引用方式:
蔡铁城,刘俊仙,张冲,刘菁,阳太亿,蒋菁,贺梁琼,韩柱强,唐荣华,庄伟建,熊发前.(2021).AA 野生种花生Ty1-copia 类反转座子RT 基因的克隆与序列分析.广西植物.[ChinaXiv:202112.00144]
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