分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-10-22 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为研究檀香NDH 脱氢酶基因的功能和调控机制，以檀香心材为材料，利用RACE 技术克隆SaNDH6 基因的全长序列，利用实时荧光定量PCR（RT-qPCR）技术分析其组织 和激素处理后的表达模式，在拟南芥原生质体观测其亚细胞定位，利用PlantCARE 分析 SaNDH6 起始密码子ATG 上游2 kb 的启动子序列，同时运用PlantRegMap 预测可能与其结 合的转录因子。结果表明：（1）SaNDH6 编码303 个氨基酸，为疏水蛋白，亚细胞定位于 叶绿体。（2）进化树分析表明，檀香SaNDH6 与木本植物NDH6 进化关系较近。（3）PlantCARE 分析发现，SaNDH6 启动子中除含有ACE、AE-box、Box 4、G-Box 和GT1-motif 等大量光 响应元件外，同时还有茉莉酸甲酯（MeJA）反应元件CGTCA-motif 和TGACG-motif，赤霉 素（GA）响应元件P-box，以及防御和胁迫响应元件TC-rich repeats 等。（4）通过PlantRegMap 分析发现，有76 个转录因子可能与SaNDH6 启动子结合，其中ERF 家族最多，达到了40 个。（5）SaNDH6 在檀香的根、心材、叶片和愈伤组织中均有表达，其中在叶片中的表达 量较高；用110-4 molL-1 的MeJA 和GA3 分别处理檀香愈伤组织后，SaNDH6 的表达均显 著升高。综上结果表明，檀香SaNDH6 为核基因编码的蛋白，受光和激素等诱导表达，可 能参与檀香逆境胁迫反应的过程。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-12-19 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 该研究旨在克隆 Ty1-copia 类反转录转座子 RT 基因，为分离花生属 Ty1-copia 类反转 录转座子全长序列和研究其功能提供序列基础。根据RT 基因的保守区设计简并引物，以两 份 AA 染色体组野生种花生“Arachis duranensis”为试材，利用 PCR 扩增其基因组 DNA，回 收、克隆和测序目的条带后，对所获得序列进行生物信息学分析。结果表明：（1）目的条 带大小约为 260 bp 大小，分别从两份野生种花生材料中克隆到 41 条和 27 条 RT 基因序列， 68 条序列的长度变化范围为 256 ~270 bp，AT 所占比例范围为 55.86%~68.42%，AT 与 GC 比例范围为 1.27~2.17，核苷酸序列间相似性范围为 49.8%~99.2%，存在较高异质性。（2） 68 条序列被划分为 6 个家族，家族Ⅰ和Ⅳ为主要成分。（3）68 条序列中的 19 条发生了无 义突变，Arachis duranensis（PI219823）要比 Arachis duranensis（PI262133）的无义突变率 高。（4）氨基酸序列间相似性范围为 4.7%~100%，呈现高度异质性。（5）各家族中代表 序列的蛋白质三级结构在整体构型上一致，但在螺旋结构数、折叠结构数、转角数和氢键数 上存在较大差别。（6）序列间保守基序总体一致，但也存在一定变异，呈现一定异质性； 系统进化树将 68 条序列分为 10 类，大部分序列都聚在 A 和 B 两大类中。（7）另有部分 AA 染色体组野生种花生的 RT 基因序列与其他物种植物的 RT 基因序列亲缘关系较近，推 测不同物种植物之间可能发生过 Ty1-copia 类反转录转座子的横向传递。该研究为花生属基 于 Ty1-copia 类反转录转座子的新分子标记开发和应用奠定基础。
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