一种新型冠状病毒肺炎(COVID-19)药物与天然产物快速发现的计算药理学方法

摘要: 新发传染病爆发流行期间，亟需提出候选药物功效与机制的科学假说。疫苗或新药研发均需要一定时间，因而药物重定位（老药新用）策略有其独特价值。但是新发疾病其病原体、宿主反应的临床数据不充分，制约了候选药物假设的提出。此阶段常根据病人临床特征进行广谱抗病毒药物的尝试。本文借鉴人工智能领域常见的启发式搜索思路，提出一种新方法(aCODE)，基于前期有一定疗效提示的广谱抗病毒药，获得其宿主靶蛋白集合，在全基因组尺度上搜索与之相关性最高的基因模块组合，进而对候选化合物（如已批准上市药物、天然产物）进行模式匹配与统计检验排序。本方法可根据临床实践的进展更新输入药物，迭代输出更精准结果，输出的天然产物或中药、药食同源成分结合其它信息后可实施快速测试，形成敏捷研发测试闭环。本方法的第二版更新及其与文献证据的比对分析请参考：http://chinaxiv.org/abs/202002.00024。