小立碗藓扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-08-27 合作期刊: 《广西植物》

蓝雨纯 黄彬 韦娇 姜山

摘要： 扩展蛋白（Expansins, EXP）是一类基因家族，几乎参与了植物发育的全过程，从种子萌发到果实成熟都有扩展蛋白的参与。利用生物信息学的方法对小立碗藓（Physcomitrella patens）Expansin基因家族成员进行鉴定，并分析其基因结构、染色体定位及系统发生关系；结果表明小立碗藓基因组中含有Expansin A（EXPA）32个、Expansin-like A(EXLA)6个，并未发现Expansin-like B（EXLB）及Expansin B（EXPB）。扩展蛋白氨基酸序列长度在228 ~ 290之间，编码蛋白质具有两个保守的结构域Pollen_allerg_1和DPBB_1。蛋白质亚细胞定位预测结果表明：运用CELLO在线工具预测发现小立碗藓中约4/5的EXP家族基因定位于细胞外；而Euk-mPLoc预测结果则显示小立碗藓EXP基因家族成员全定位于细胞外。基因结构分析表明，小立碗藓中约68% Expansin 基因有含有1 ~ 3个内含子。本研究分析了小立碗藓扩展蛋白基因家族的基本信息，可为深入研究其扩展蛋白基因的分子进化与生物学功能奠定基础。

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