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小立碗藓扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析

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扩展蛋白(Expansins, EXP)是一类基因家族,几乎参与了植物发育的全过程,从种子萌发到果实成熟都有扩展蛋白的参与。利用生物信息学的方法对小立碗藓(Physcomitrella patens)Expansin基因家族成员进行鉴定,并分析其基因结构、染色体定位及系统发生关系;结果表明小立碗藓基因组中含有Expansin A(EXPA)32个、Expansin-like A(EXLA)6个,并未发现Expansin-like B(EXLB)及Expansin B(EXPB)。扩展蛋白氨基酸序列长度在228 ~ 290之间,编码蛋白质具有两个保守的结构域Pollen_allerg_1和DPBB_1。蛋白质亚细胞定位预测结果表明:运用CELLO在线工具预测发现小立碗藓中约4/5的EXP家族基因定位于细胞外;而Euk-mPLoc预测结果则显示小立碗藓EXP基因家族成员全定位于细胞外。基因结构分析表明,小立碗藓中约68% Expansin 基因有含有1 ~ 3个内含子。本研究分析了小立碗藓扩展蛋白基因家族的基本信息,可为深入研究其扩展蛋白基因的分子进化与生物学功能奠定基础。
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Recommended references: 蓝雨纯,黄彬,韦娇,姜山.(2019).小立碗藓扩展蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析.广西植物.[ChinaXiv:201908.00078] (Click&Copy)
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[V1] 2019-08-27 18:02:49 chinaXiv:201908.00078V1 Download
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