分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-04-17 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 蒟蒻薯属(Tacca)植物的分类一直存在很大的争议，其中广西裂果薯(Schizocapsa guangxiensis)被认为应与裂果薯(Tacca plantanginea)归并为同一物种，但也有学者根据它们 的形态差异划分为不同的物种。为了明确广西裂果薯与裂果薯的遗传差异和系统发育关系， 本研究对广西裂果薯进行DNA 高通量测序，利用生物信息软件组装了完整的叶绿体基因 组，并与已发表的裂果薯叶绿体基因组进行比较及系统发育分析。结果表明：(1)广西裂果 薯和裂果薯的叶绿体基因组大小分别为162 149 bp 和160 749 bp，GC 含量都是36.90%， 两者注释后得到的基因种类和基因数目完全一致，包含89 个蛋白质编码基因、37 个tRNA 基因、6 个rRNA 基因。(2)密码子的偏好性分析显示，两物种使用的密码子频率存在一定 的差异，但是都偏好以A/T(U)结尾的密码子。(3)与裂果薯相比，广西裂果薯的SSC 边界 发生明显的扩张现象，是导致两者叶绿体基因组长度差异的主要因素。(4)广西裂果薯与裂 果薯在LSC 和SSC 区域内存在一些序列分歧，尤其是基因间隔区，可用于开发物种特异性 分子标记。(5)系统发育结果显示，广西裂果薯与裂果薯的亲缘关系较远，尽管广西裂果薯 寄定在蒟蒻薯属内，但是它们属于两个不同的物种。该研究丰富了广西裂果薯叶绿体基因 组遗传信息，为广西裂果薯物种分类、遗传多样性分析和物种保护提供了理论依据。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-04-17 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为探究西南牡蒿的（Artemisia parviflora）叶绿体基因组结构特征及其系统位置， 该研究利用高通量测序技术对其进行测序，并借助生物信息学工具进行分析。结果表明：（1） 西南牡蒿叶绿体基因组长151 047 bp，呈现为由四部分组成的环状双链结构，GC 含量为 37.5%。（2）共注释115 个基因，包括81 个蛋白编码基因、4 个rRNA 基因及30 个tRNA 基因。（3）检测到68 个简单重复序列（SSRs）和37 个长重复序列。（4）西南牡蒿叶绿 体基因组的密码子使用偏性较弱，其主要受自然选择的影响，高频密码子偏向以A/U 结尾。 （5）西南牡蒿叶绿体基因组的IR 区未出现明显的扩张或收缩；筛选出了trnH–psbA、 rpl16–rps3、ycf15–trnL-UAG、ndhA 和ycf1 5 个高变异区域，可作为鉴定龙蒿亚属植物的潜 在分子标记。（6）系统发育分析揭示了西南牡蒿在龙蒿亚属中的系统位置及蒿属内各亚属 的系统发育关系。该研究为蒿属植物后续的分子标记开发和系统发育研究奠定了基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-03-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 中甸刺玫（Rosa praelucens Byhouwer）是云南香格里拉县的特有“极危”植物和国家二 级重点保护植物，也是著名的高山花卉和重要的十倍体月季种质资源，种内存在丰富的表型 多样性。为了澄清中甸刺玫种内表型变异的遗传背景，该文利用二代测序技术对40 个不同 表型的中甸刺玫代表性个体的叶绿体基因组进行测序、组装和比较分析，结果表明：（1） 中甸刺玫的基因组序列长157 173～157 261bp，植株间仅相差88bp，共编码132 个功能基因， 主要为与光合作用和自我复制相关的基因。全部基因共由27 155 个密码子编码，以A-和U- 为末端的密码子较常见。（2）中甸刺玫的叶绿体基因组共鉴定出36 个重复序列和73 个简 单重复序列，后者大部分为单核苷酸SSRs，主要位于大单拷贝区的基因间隔区。（3）中甸 刺玫种内叶绿体全基因组的单倍型多样性为0.928±0.027，核酸多态性为0.00012；位于LSC 的petN-trnD、psaA-ycf3 等基因间隔区，以及rps16 和ycf1 等基因的核酸多态性相对较高； 不同表型的代表性个体的叶绿体基因组间在结构上不存在大片段或基因的逆转或者丢失。研 究结果表明中甸刺玫种内在叶绿体基因组大小、序列和基因结构等方面均高度保守，其种内 丰富的表型多样性不是由于叶绿体基因组的变异。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2024-02-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 以秦巴山区3 种人参属药用植物为研究对象，运用生物信息学技术分析其叶绿 体基因组特征及密码子使用偏好性等，明确珠子参、羽叶三七和秀丽假人参3 种药用 植物叶绿体基因组特征与系统发育关系，为珠子参药材的分子鉴定提供依据。结果表 明：（1）3 种人参属药用植物的叶绿体基因组为典型的四分体结构，序列全长为156 071~156 104 bp，总GC 含量为38.10%，基因组大小相似度较高。（2）均注释到133 个基因，包括88 个蛋白编码基因、37 个tRNA基因和8 个rRNA 基因。（3）3 种 人参属药用植物叶绿体密码子使用偏好性相似，密码子第3 位碱基以A/U 结尾为主 ，密码子使用模式在受到突变影响的同时，主要受到自然选择的影响。（4）系统发育 结果表明3 种人参属药用植物的亲缘关系较近，且秀丽假人参同羽叶三七亲缘关系更 近。该研究表明秀丽假人参与珠子参基源植物之间存在近源关系，这项发现对于珠子 参中药材资源的开发利用具有重要意义，并为进一步研究人参属物种的分类、系统发 育和进化机制提供重要依据。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-26 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 越南小花金花茶(Camellia minima) 是一种珍稀濒危的金花茶组植物，目前尚未有其 叶绿体基因组的相关研究。该研究利用Illumina HiSeq 2000 平台对越南小花金花茶进行了叶 绿体基因组序列的测序、组装、注释和分析。结果表明：(1) 越南小花金花茶叶绿体基因组 全长156 961 bp，为典型的四分体结构，共注释到136 个基因，其中包含87 个蛋白编码 基因，41 个tRNA 基因和8 个rRNA 基因。(2) 分析鉴定出66 个SSR 位点和39 个重复序 列。(3) 密码子偏好使用以A/U 结尾的密码子，综合ENC 绘图、PR2-plot 和中性分析推测 自然选择是影响密码子使用模式的主导因素。(4) 边界分析显示ycf1 基因的长度和位置在不 同金花茶组植物间存在差异。(5) 对已发表的金花茶组植物叶绿体基因组的系统发育分析发 现越南小花金花茶与小花金花茶聚为一支，亲缘关系很近。该研究结果为探索物种进化和 提高外源基因表达提供了重要的参考信息，同时为后续的金花茶组植物的保护和利用提供 了理论基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-12-24 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 六堡茶群体种（Camellia sinensis var. sinensis cv. ‘Liupao’）是制作六堡茶的主要原材 料植物。为探索六堡茶群体种的遗传背景，特别是其系统发育和演化历史，该文对27 份六堡 茶群体种和5 份突肋茶开展了浅层基因组和转录组测序，并进行了六堡茶群体种的系统发育 关系、分歧进化时间及遗传多样性分析。结果表明：（1）在叶绿体树上，六堡茶群体种样品 被分为距离较远的两组，一组与茶亲缘关系最近，嵌入了主要由茶组成的分支内部，分别与 不同栽培茶聚在一起，另一组则形成单系分支，与突肋茶亲缘关系最近且嵌入其内部；然而， 在核基因树上，六堡茶群体种样品与栽培茶及山茶属其他几个物种聚为一支，但与突肋茶关 系较远；核质基因组系统发育矛盾表明，部分六堡茶群体种的祖先曾与突肋茶发生过杂交事 件，捕获了突肋茶的叶绿体基因组。（2）分子钟分析进一步表明，该杂交事件发生在1.55 百 万年前的第四纪时期，远早于人类栽培和制作茶的历史。（3）基于叶绿体基因组和核基因的 遗传多样性分析均发现，六堡茶群体种具有较高的单倍型多样性，有较大的演化潜力。该研 究将为六堡茶群体种种质资源保护、品种选育及开发利用提供科学依据和指导。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-09-20 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了明确国家二级保护植物半枫荷与近缘类群的系统发育关系，分析叶绿体基因的适应性进化，该研究利用22 个物种的24 条叶绿体基因组序列 构建最大似然树和贝叶斯树分析半枫荷及其近缘类群的系统发育关系，并通过不同模型检测半枫荷与近缘类群的叶绿体编码基因的变异位点与选择压力 间的关系。结果表明：（1）半枫荷叶绿体基因组具有133 个基因，包括蛋白质编码基因88 个（其中11 个具有内含子），tRNA 基因37 个，rRNA 基因8 个。（2）半枫荷及其近缘属蕈树属、枫香树属8 个物种的叶绿体基因组在序列长度、基因数量及组成、GC 含量等方面相对保守，反向重复区与小单拷贝 区边界高度保守。小单拷贝区和大单拷贝区的变异程度较高，而反向重复区的变异程度较低。（3）半枫荷与蕈树属、枫香树属物种聚成蕈树科分支，并 可划分为三个亚分支，且亚分支间或物种间可能存在杂交或不完全谱系分选。（4）适应性进化结果表明在不同模型下，蕈树科分支的物种在ndhA 等叶绿 体基因受选择约束（纯化选择），位点模型也检测到10 个基因的28 个位点p 大于0.99，这些编码基因变异可能与蕈树科植物适应性分化有关。该研究支 持半枫荷隶属于蕈树科，蕈树科内物种的叶绿体基因可能存在适应性进化，这为同名异物类药材的资源保护和民族药的创新研发提供参考资料。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-07-13 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为确定桃叶珊瑚属（Aucuba）植物叶绿体基因组的结构组成及其序列差异，揭示其 属下种间亲缘关系，该研究对桃叶珊瑚（A. chinensis）、花叶青木（A. japonica var. variegata）等 6种桃叶珊瑚属植物和丝缨花属植物黄杨叶丝缨花（Garrya buxifolia）进行二代测序，利用生 物信息学软件对其叶绿体基因组序列进行组装和注释，并进行基本特征分析、序列比较 以及系统发育分析。结果表明：（1）桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组具典型的环状四分体结 构，6条序列全长157 891~158 325 bp，均编码114个基因，包括80个蛋白质编码基因、30个 tRNA基因和4个rRNA基因；（2）6种植物叶绿体基因组高频密码子数均为29个，偏好以A/U结 尾，确定了这6条序列的最优密码子共100个，包含12个共有的最优密码子；（3）6条叶绿体基 因组序列共检测到270条散在重复序列，133条串联重复序列以及412个SSR位点；（4）比较 基因组学分析结果表明，该属植物叶绿体基因组序列高度保守；（5）从叶绿体基因组中筛选 出10个高变片段；（6）系统发育分析结果支持桃叶珊瑚属为一支持率高的单系，其与丝缨花 属关系较近。该研究对象的5种桃叶珊瑚属植物以及1种丝缨花属植物的叶绿体基因组均为首次 测序组装，揭示了桃叶珊瑚属及其属下种间的系统发育关系，为桃叶珊瑚属植物的分类鉴定和 系统发育提供了参考资料。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-08-05 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 青冈亚属植物的系统发育地位长期存在着争议，部分种的种间关系不明确。为揭示宁 冈青冈（Quercus ningangensis）、曼青冈（Q. oxyodon）、毛曼青冈（Q. gambleana）、竹 叶青冈（Q. neglecta）的叶绿体基因组特征及系统发育关系，本研究选择以上4 种青冈的成 熟叶片进行二代测序，对其叶绿体基因组结构和特征进行分析，并结合相关类群进行系统发 育研究。结果表明：（1）宁冈青冈、曼青冈、毛曼青冈、竹叶青冈的叶绿体基因组序列长 度分别为：160 906 bp、160 883 bp、160 832 bp、160 784 bp，它们均编码133 个基因，包括 88 个蛋白质编码基因、37 个tRNA 基因、8 个rRNA 基因。（2）四种青冈更偏好以A/T 结 尾的密码子，质体基因组变异区域主要存在于非编码区域。（3）通过IR 边界分析得出，四 种青冈亚属植物存在ycf1 假基因，且在IRb/SSC 区域发生扩张。（4）系统发育分析表明， 在壳斗科中，水青冈属（Fagus）和三棱栎属（Trigonobalanus）较早分化出来，栎亚属（subg. Quercus）未形成一个单系群，叶绿体基因组建树结果和核标记、质体标记一致，栎亚属中 Ilex 组和Cerris 组间出现穿插现象。（5）《中国植物志》及部分地方植物志将毛曼青冈作 为一个单独的种处理，而周浙昆、邓敏等人根据叶的特征将毛曼青冈作为曼青冈的一个亚种 处理，毛曼青冈的系统发育地位存在着争议,本实验根据叶绿体基因组信息并结合前人的形 态分析结果，支持毛曼青冈作为一个独立的种存在的观点。该研究为探讨青冈亚属系统发育 地位、青冈亚属组的划分、存疑种种间关系的解决提供了基础资料。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-07-05 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 头花杜鹃（Rhododendron capitatum）和陇蜀杜鹃（R. przewalskii）是极具观赏价值的 野生花卉和药用植物。为探讨头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体基因组的遗传结构及进化特征，该 研究利用 Illumina HiSeq 4000 平台对头花杜鹃和陇蜀杜鹃的叶绿体全基因组进行测序，经 组装和注释后，结合 7 个已发表的杜鹃属植物叶绿体全基因组进行比较基因组学分析和系 统发育分析。结果表明：（1）头花杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体全基因组呈典型的环状四分体结 构，均由一个大单拷贝区（105 990、109 191 bp）、一个小单拷贝区（2 617、2 606 bp）和 一对反向重复区（45 825、47 516 bp）构成，全长分别为 200 257、206 829 bp。（2）头花 杜鹃和陇蜀杜鹃叶绿体基因组中共鉴定出 263 个SSR 位点，大部分 SSR 偏好使用 A/T 碱 基；密码子偏好使用 A/U 结尾。（3）杜鹃属植物叶绿体全基因组中普遍存在基因丢失以 及基因组重排等结构变异现象。该研究丰富了杜鹃属植物的基因组资源，为头花杜鹃、陇蜀 杜鹃的育种、遗传进化及系统发育等相关研究提供了理论基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-03-30 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 木芙蓉 (Hibiscus mutabilis) 栽培历史悠久，是原产中国的古老园林树种和药用植物。为探讨木芙蓉品种及近缘种的进化特征，厘清木芙蓉品种间及其与近缘种间的亲缘关系，同时也为探究木芙蓉叶绿体基因组(chloroplast DNA, cp DNA) 的遗传方式，该文选择了一个杂交组合中的3个木芙蓉栽培品种(‘单瓣白’、‘金秋颂’、‘牡丹粉’)，用高通量测序平台Illumina NovaSeq对其叶绿体基因组进行首次测序。经组装注释后得到3条完整的cp DNA序列，结合本团队已经完成的近缘种台湾芙蓉(H. taiwanensis)和来自基因库的木槿、朱槿的cp DNA，该文对木槿属4种及木芙蓉种下的3个品种进行了cp DNA组成和结构特征的比较分析，并完成了其系统发育树重建。结果表明：(1)‘单瓣白’、‘金秋颂’、‘牡丹粉’的叶绿体基因组序列长度分别为160 880、160 879、160 920 bp，基因数目均为130个，其中85个蛋白编码基因、8个核糖体RNA和37个转运RNA。(2)比较分析表明，木芙蓉的种下3个品种及其近缘种台湾芙蓉在叶绿体基因组上高度保守，反向重复区(IR)均为26 300 bp；木槿和朱槿在IR区发生了收缩，分别为25 745和25 598 bp。(3)系统发育分析表明，种下3个品种聚成一个单系支，再与台湾芙蓉聚成一个高支持率分支，表明木芙蓉和台湾芙蓉的亲缘关系最近；相较于木槿和朱槿，木芙蓉、台湾芙蓉两种与海滨木槿、黄槿、大麻槿在亲缘关系上更近。(4)木芙蓉3个品种之间能通过叶绿体基因组序列区分开，在大/小单拷贝区（LSC/SSC）长度上，‘单瓣白’、‘金秋颂’、‘牡丹粉’分别为89 355 bp/18 925 bp、89 353 bp/18 926 bp、89 400 bp/18 920 bp，且从重复序列和核苷酸多样性分析中开发出了候选分子标记和DNA条形码，可以作为品种鉴定的分子条码。(5)木芙蓉品种单瓣白与金秋颂叶绿体基因组差异最小，亲缘关系最近，根据两者母本与子代的关系，证明了木芙蓉叶绿体基因组的母系遗传特征。该文有助于我们更好地了解3个木芙蓉品种及台湾芙蓉叶绿体基因组的进化特征和物种间的系统发育关系，并为木芙蓉品种的准确鉴定和优良品种选育提供了叶绿体基因组方面的基础资料。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-08-09 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了深入发掘日本厚朴、厚朴、凹叶厚朴叶绿体基因组差异,筛选厚朴优良性状候选基因，开展三种厚朴的分子遗传研究，该文利用 Illumina HiSeq 高通量测序平台首次对日本厚朴叶绿体进行测序、组装，并与已有的厚朴、凹叶厚朴叶绿体基因组共同注释，获得三个物种叶绿体基因图谱，筛选出三个基因组中的差异基因，又与同科中 11 个亲缘物种进行叶绿体基因组比对，构建 NJ 遗传树。结果表明：日本厚朴叶绿体基因组的 Clean Reads 为 19 791 019，Q30 为 91.33%，组装后基因组全长 160 051 bp，GC 含量为 39.2%，含 tRNA 37 个，rRNA 8 个。比对分析发现三种厚朴具有相似的 IR、LSC 和 SSC 结构，以及 GC 含量和 tRNA 数量，但编码基因种类和数量、内含子和外显子的数量和结构等存在差异。日本厚朴的功能基因数目较厚朴、凹叶厚朴分别多 6 个和 4 个，主要分布于 LSC 区和 IR 区，涉及核糖体大亚基、核糖体小亚基和未知功能基因类群。系统发育分析结果进一步显示日本厚朴与凹叶厚朴亲缘关系较近，其次是厚朴。该研究表明日本厚朴具有更丰富的叶绿体基因组结构、组成和变异特征，是其适应高纬度地区弱光、低温环境的分子机制，这为厚朴类优良品种的分子选育提供有力的指导。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-07-20 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 分子系统学研究将传统梧桐科与锦葵科、木棉科和椴树科合并为广义锦葵科，并进一步分为9个亚科。然而，9个亚科之间的关系尚未完全明确，且梧桐亚科内的属间关系也未得到解决。为了明确梧桐亚科在锦葵科中的系统发育位置，厘清梧桐亚科内部属间系统发育关系，该研究对锦葵科8个亚科进行取样，共选取55个样本，基于叶绿体基因组数据，采用最大似然法和贝叶斯分析构建系统发育树。结果表明：（1）广义锦葵科中，刺果藤亚科和扁担杆亚科组成Byttneriina分支，Malvadendrina分支中山芝麻亚科为其他亚科的姐妹群，随后分出梧桐亚科（WCG、LSC和SSC矩阵构成的数据集），以及Malvatheca分支（木棉亚科和锦葵亚科）与非洲芙蓉亚科-椴树亚科的姐妹关系；（2）在梧桐亚科中，可乐果属分支（Cola clade）是独立一支，随后是酒瓶树属分支（Brachychiton clade）与苹婆属（Sterculia clade）+ 银叶树属分支（Heritiera clade）形成姐妹关系（WCG、LSC和CDS矩阵）；（3）在可乐果属分支（Cola clade）中，可乐果属等为梧桐属（含闭果桐属）和胖大海属+舟翅桐属的姐妹群。该研究基于叶绿基因组数据基本澄清了广义锦葵科的亚科系统关系以及梧桐亚科内各属关系，系统发育树框架基本明晰，但梧桐亚科在Malvadendrina分支的位置和酒瓶树属在梧桐亚科的位置，以及梧桐属的概念及范围仍需进一步研究，尤其是结合核基因组数据进行分析。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-10-20 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了理解紫花苜蓿叶绿体基因组密码子偏好性的使用模式，该文以紫花苜蓿叶绿体基因组中筛选到的49条蛋白质编码序列为研究对象，利用CodonW、CUSP、CHIPS、SPSS等软件对其密码子的使用模式和偏好性进行分析。结果表明：紫花苜蓿叶绿体基因的第3位密码子的平均GC含量为26.87%，有效密码子数（ENC）在40.6～51.41之间，多数密码子的偏好性较弱。相对同义密码子使用度（RSCU）分析发现，RSCU＞1 的密码子数目有30个，以A、U结尾的有29个，说明了紫花苜蓿叶绿体基因组A或U出现的频率较高。中性分析发现，GC3与GC12的相关性不显著，表明密码子偏性主要受到自然选择的影响；而ENC-plot 分析发现一部分基因落在曲线的下方及周围，表明突变也影响了部分密码子偏性的形成。此外，有17个密码子被鉴定为紫花苜蓿叶绿体基因组的最优密码子。紫花苜蓿叶绿体基因组的密码子使用的偏好性可能受到自然选择和突变的共同作用。该研究将为紫花苜蓿叶绿体基因工程的开展和目标性状的遗传改良奠定基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-10-17 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了解降香黄檀叶绿体基因组密码子使用模式，本研究利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP对降香黄檀叶绿体基因组中的52条基因编码序列密码子进行中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明：降香黄檀叶绿体基因组密码子的3个位置上GC含量依次为GC1 (46.01%) >GC2 (38.98%) >GC3 (27.80%)；有效密码子数(ENC)范围为37.66 ~ 54.43，及ENC值>45的有37个；RSCU >1的密码子有29个，其中16个以U结尾、12个以A结尾；这些说明其偏好以AT结尾，且偏性较弱。中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数0.250，相关性不显著，回归系数为0.394；ENC-plot分析显示ENC比值位于-0.05 ~ 0.15区间的基因有39个；且PR2-plot分析在碱基的使用频率方面，U > A、G > C；说明降香黄檀叶绿体基因组密码子偏好性主要受选择的影响；19个密码子被确定最优密码子。本研究为降香黄檀叶绿体基因工程、遗传多样性分析等研究提供了科学参考依据。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-02-25 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为分析美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组密码子偏好性使用模式，本文通过筛选美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组中的各 52 条蛋白编码序列，利用 CodonW、CUSP 和 SPSS 软件对其密码子使用模式及偏性进行分析。结果表明：美丽梧桐、云南梧桐的 GC 含量分别为38.12%、38.05%，表明叶绿体基因组内富含 A/T 碱基。有效密码子数(ENC)范围为36.91~56.46、36.55~58.04，多数密码子偏性较弱。相对同义密码子(RSCU)分析显示，RSCU>1的密码子各有 29 个，其中 28 个以 A、U 结尾。中性绘图显示，GC3 与 GC12 的相关性不显著，回归曲线斜率分别为 0.195 和 0.304，说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。ENC-plot 分析中大部分基因分布于曲线的周围和下方，ENC 比值多分布于-0.04~0.10 之间，表明突变也影响密码子偏性的形成。此外，17、18 个密码子分别被鉴定为美丽梧桐、云南梧桐的最优密码子。美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用，且使用模式较为相似，但具有一定的差异，可能与适应环境的进化机制有关。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2018-09-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为分析樟树(Cinnamomum camphora)叶绿体基因组密码子偏好性使用模式，该研究利 用 CodonW、EMBOSS、R 语言等软件和程序，对 53 条樟树叶绿体基因组密码子使用模式 及偏好性进行了系统分析。结果表明，樟树叶绿体基因的有效密码子数(ENC)在 36.82~59.30 之间，表明密码子的偏好性较弱。相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现 RSCU>1 的密码 子有 32 个，其中 28 个以 A、U 结尾，表明第 3 位密码子偏好使用 A 和 U 碱基。中性绘图 分析发现，GC3与 GC12的相关性不显著，回归曲线斜率为 0.049，说明密码子偏好性主要受 到自然选择的影响，而 ENC-plot 分析中大部分基因落在曲线的下方，同样表明选择是影响 密码子偏好性的主要因素。最终共有 9 个密码子(UUU、CUU、UCA、ACA、UAU、AAU、 GAU、UGA、GGA)被鉴定为樟树叶绿体基因组的最优密码子。
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