分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-07-13 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为确定桃叶珊瑚属（Aucuba）植物叶绿体基因组的结构组成及其序列差异，揭示其 属下种间亲缘关系，该研究对桃叶珊瑚（A. chinensis）、花叶青木（A. japonica var. variegata）等 6种桃叶珊瑚属植物和丝缨花属植物黄杨叶丝缨花（Garrya buxifolia）进行二代测序，利用生 物信息学软件对其叶绿体基因组序列进行组装和注释，并进行基本特征分析、序列比较 以及系统发育分析。结果表明：（1）桃叶珊瑚属植物叶绿体基因组具典型的环状四分体结 构，6条序列全长157 891~158 325 bp，均编码114个基因，包括80个蛋白质编码基因、30个 tRNA基因和4个rRNA基因；（2）6种植物叶绿体基因组高频密码子数均为29个，偏好以A/U结 尾，确定了这6条序列的最优密码子共100个，包含12个共有的最优密码子；（3）6条叶绿体基 因组序列共检测到270条散在重复序列，133条串联重复序列以及412个SSR位点；（4）比较 基因组学分析结果表明，该属植物叶绿体基因组序列高度保守；（5）从叶绿体基因组中筛选 出10个高变片段；（6）系统发育分析结果支持桃叶珊瑚属为一支持率高的单系，其与丝缨花 属关系较近。该研究对象的5种桃叶珊瑚属植物以及1种丝缨花属植物的叶绿体基因组均为首次 测序组装，揭示了桃叶珊瑚属及其属下种间的系统发育关系，为桃叶珊瑚属植物的分类鉴定和 系统发育提供了参考资料。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-04-29 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 毛竹是我国重要的经济竹种，在长期栽培适应过程中产生了丰富的变异。为揭示毛竹 竹秆变异变型的全基因组突变类型，以黄皮毛竹、金丝毛竹、绿皮花毛竹和花毛竹 4 个毛竹 变型为实验材料，采用高通量重测序技术获得全基因组序列，进行单核苷多态性（SNP）、 小片段插入缺失（InDel）和结构变异（SV）检测和注释，并将变异基因进行功能注释。结 果表明：花毛竹基因组检测得到的基因变异数最多，为 12 555 个；金丝毛竹样品变异位点 数最少，为 11 923 个；4 个样品都有 7 000 多个变异基因得到功能注释。GO 注释分类包括 细胞组件、分子功能和生物过程三个基因功能分类体系的 56 个功能组。在细胞组分方面， 叶绿素合成相关基因有 2 431 个；在生物过程方面，参与类胡萝卜素合成过程的基因有 75 个，参与花青素合成过程中的调控以及紫外光下组织中花青素积累的相关基因有 80 个。COG 分类表明参与复制、重组和修复的基因数为 369 个，信号转导机制的基因数为 291 个，转录 的相关基因 222 个。通过 KEGG 数据库系统地分析变异基因参与的黄酮类、类胡萝卜素等物 质代谢合成途径。深入研究这些差异基因的调控途径，从 DNA 水平上解释竹秆的变异机制， 可以为深入研究毛竹种内丰富的多态性和遗传变异提供数据支持，阐析不同变异类型的基因 家族、功能基因等遗传基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2018-09-07 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 元江素馨(Jasminum yuanjiangense)为云南省元江河谷狭限分布的特有植物，采用典型选样法在元江 素馨较为集中分布地布置 4 个样方，包含干热灌丛、稀树灌草丛 2 个植被类型，调查分析种群年龄结构及 存活曲线，量化种群结构类型，比较各局域元江素馨种群的差异性；运用时间序列预测种群数量动态，以 揭示元江素馨种群结构及动态特征。结果表明：(1)元江素馨种群属于增长型，Vpi′=0.0041，表明该种群趋 近于稳定型；种群结构在发展过程中存在一定的波动性，种群生长前期个体数多于生长后期；存活曲线趋 于 Deevey-Ⅲ型和 Deevey-Ⅰ型；幼苗充足，死亡率高，幼龄阶段到中龄阶段个体生长发育受阻。(2)时间序 列预测分析表明，元江素馨种群具备一定的恢复能力，未来 2、4 个龄级时间后种群个体数均呈现小幅度的 增加趋势。(3)各局域元江素馨种群结构存在差异，但依据其年龄结构大致可划分为两类，样地 1、样地 2 和样地 4 种群为增长型，存活曲线表现出 Deevey-Ⅲ型；样地 3 的种群为稳定型，存活曲线呈现出 Deevey-Ⅰ 型，稳定型种群生境较增长型种群生境更适宜于元江素馨的生长。
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