樟树叶绿体基因组密码子偏好性分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2018-09-07 合作期刊: 《广西植物》

秦政 郑永杰 桂丽静 谢谷艾 伍艳芳

摘要： 为分析樟树(Cinnamomum camphora)叶绿体基因组密码子偏好性使用模式，该研究利 用 CodonW、EMBOSS、R 语言等软件和程序，对 53 条樟树叶绿体基因组密码子使用模式 及偏好性进行了系统分析。结果表明，樟树叶绿体基因的有效密码子数(ENC)在 36.82~59.30 之间，表明密码子的偏好性较弱。相对同义密码子使用度(RSCU)分析发现 RSCU>1 的密码 子有 32 个，其中 28 个以 A、U 结尾，表明第 3 位密码子偏好使用 A 和 U 碱基。中性绘图 分析发现，GC3与 GC12的相关性不显著，回归曲线斜率为 0.049，说明密码子偏好性主要受 到自然选择的影响，而 ENC-plot 分析中大部分基因落在曲线的下方，同样表明选择是影响 密码子偏好性的主要因素。最终共有 9 个密码子(UUU、CUU、UCA、ACA、UAU、AAU、 GAU、UGA、GGA)被鉴定为樟树叶绿体基因组的最优密码子。

 点击量 1616  下载量 883  评论