崖壁植物太行菊与长裂太行菊全基因组大小及特征分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2022-02-14 合作期刊: 《广西植物》

王祎玲 臧恩 张昊 刘志霞 兰亚飞 何珊 郝伟丽 曹艳玲

摘要： 太行菊（Opisthopappus taihangensis）、长裂太行菊（Opisthopappus longilobus）， 为太行山特有多年生崖壁草本植物，菊科（Compositae）重要野生资源，具有较高的经 济与生态价值。为确定适合两物种的全基因组测序策略，本研究利用流式细胞法和高通 量测序技术，分析两物种基因组大小、杂合率、重复序列及GC 含量等信息。结果表明： （1）流式细胞法估算太行菊基因组大小为2.1 Gb，长裂太行菊基因组大小2.4 Gb；（2） 高通量测序修正后太行菊基因组大小为3.13 Gb，重复序列比例为84.35 %，杂合度为 0.99 %，GC 含量为36.56 %；长裂太行菊基因组为3.18 Gb，重复序列比例为83.83 %， 杂合度为1.17 %，GC 含量为36.62 %；（3）初步组装后GC 含量分布及平均深度存在 异常，出现分层现象，可能是两物种基因组杂合率较高所致。从基因组结构看，太行菊、 长裂太行菊均属于高重复、高杂合、大基因组的复杂基因组，建议使用Illumina + PacBio 测序组装策略，进行全基因组测序分析。

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