两种梧桐叶绿体基因组密码子使用偏性分析

分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-02-25 合作期刊: 《广西植物》

陆奇丰 骆文华 黄至欢

摘要： 为分析美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组密码子偏好性使用模式，本文通过筛选美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组中的各 52 条蛋白编码序列，利用 CodonW、CUSP 和 SPSS 软件对其密码子使用模式及偏性进行分析。结果表明：美丽梧桐、云南梧桐的 GC 含量分别为38.12%、38.05%，表明叶绿体基因组内富含 A/T 碱基。有效密码子数(ENC)范围为36.91~56.46、36.55~58.04，多数密码子偏性较弱。相对同义密码子(RSCU)分析显示，RSCU>1的密码子各有 29 个，其中 28 个以 A、U 结尾。中性绘图显示，GC3 与 GC12 的相关性不显著，回归曲线斜率分别为 0.195 和 0.304，说明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。ENC-plot 分析中大部分基因分布于曲线的周围和下方，ENC 比值多分布于-0.04~0.10 之间，表明突变也影响密码子偏性的形成。此外，17、18 个密码子分别被鉴定为美丽梧桐、云南梧桐的最优密码子。美丽梧桐、云南梧桐叶绿体基因组的密码子使用偏性可能受选择和突变共同作用，且使用模式较为相似，但具有一定的差异，可能与适应环境的进化机制有关。

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