雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析

作者： 陈军 ^1,2 郑华军 ³ 刘亚铭 ^1,2 赵国屏 ³ 秦松 ¹
作者单位：

1. 中国科学院烟台海岸带研究所海岸带生物学与生物资源利用重点实验室,山东烟台 264003

2. 中国科学院大学, 北京 100049

3. 上海人类基因组研究中心，上海 201203
提交时间：2018-05-23 11:45:23

摘要: 开展雨生红球藻基因组测序研究，对于解读绿藻起源与进化及生物逆境胁迫响应机理，及推动雨生红球藻产业发展都具有重要意义。利用Illumina Hiseq 2500对雨生红球藻(Haematococcus pluvialis)进行高通量测序，获得低覆盖度全基因组草图。通过计算k-mer分布预测该基因组草图大小约为547 Mbp，GC含量为59.2 %，为纯合或单倍体。共得到11,059个预测基因，平均基因长度为1,711 bp，平均CDS长度为681 bp；平均每个基因包含3.2个外显子，外显子平均长度为353 bp。代谢通路分析表明，具有完整的糖酵解、三羧酸循环、磷酸戊糖途径、嘌呤和嘧啶合成等基本代谢通路。

雨生红球藻基因组测序基因预测功能注释

分类： 生物学 >> 生物工程
引用： ChinaXiv:201805.00430 (或此版本 ChinaXiv:201805.00430V1)
DOI:10.12074/201805.00430V1
CSTR:32003.36.ChinaXiv.201805.00430.V1
推荐引用方式： 陈军,郑华军,刘亚铭,赵国屏,秦松.(2018).雨生红球藻低覆盖度基因组草图分析.中国生物工程杂志.[ChinaXiv:201805.00430] (点此复制)

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2018-05-23 11:45:23

ChinaXiv:201805.00430V1

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