分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-07-20 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了解不同基因型甘蔗(Saccharum officinarum)响应低温胁迫的分子机制，挖掘耐寒相关的 miRNA及相关靶基因，该文以低温胁迫4 ℃处理 24 h 后的3个不同耐寒性甘蔗品种的叶片为材料进行Illumina HiSeqTM2000 高通量测序，构建18 个低温胁迫前后sRNA文库。结果表明（：1）共获得分属于84个家族的已知miRNA 322个及预测得到110个新miRNA，并在已知 miRNAs中筛选出差异表达miRNA100个(61个上调，39个下调)，新miRNA中筛选出差异表达 miRNA37(15个上调, 22 个下调)。（2）利用 psRNATarget、TargetFinder 和Tapirhybrid软件对所获得的差异表达miRNA进行靶基因预测，预测得到1844个靶基因并进行GO 分析揭示了这些靶基因的3个主要功能类别，即分子功能、细胞组分与生物过程。（3）为验证高通量测序数据的可靠性，筛选 14 个miRNA 及其靶基因进行qRT-PCR 验证，表明这些 miRNA 均被检测发现且大部表达结果与测序结果一致。（4）还鉴定出部分差异表达miRNA的靶基因，这些基因参与植物生长、发育及低温胁迫反应。综上结果表明，耐寒型甘蔗体内 miRNA 直接或者间接作用靶基因实现表达调控相关代谢途径，对其重要农艺性状均起着关键的调控作用。
分类： 生物学 >> 生物工程 提交时间： 2018-12-06 合作期刊: 《中国生物工程杂志》
摘要： T淋巴细胞受体（TCRs）在抗原识别免疫应答中作用重要，其多样性与宿主免疫反应及肿瘤预后判断密切相关。目的：采用高通量测序技术研究前列腺癌组织和癌旁组织中T细胞受体（TCR）克隆多样性及其克隆序列。方法：收集5例PC患者的癌组织和癌旁组织，提取DNA后经多重PCR技术对TCR β链CDR3区进行扩增。用Illumina MiSeq进行测序，经过数据处理和比对分析，比较前列腺癌组织TCR CDR3组库的组成特征。结果：前列腺癌组织具有更高程度的克隆百分比和较高的高度扩增克隆比HEC（HEC：频率>样本总读数的0.5%的TCR克隆），并获得了24对在癌组织样本中差异表达的V-J基因组合、16对在癌旁组织样本中差异表达的V-J基因组合。结论：前列腺癌组织与癌旁组织均存在差异性的V-J基因组合以及高克隆表达的HEC，其中癌组织样品具有更高的HEC。本研究对PC发生发展的免疫学研究提供了新的数据，对PC免疫监视、T细胞受体变异标志等研究提供了参考，对以后继续研究打下了基础。
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