高山植物唐古红景天叶绿体基因组特征及系统发育分析
后印本
Characteristics of chloroplast genome and phylogenetic analysis of alpine plant Rhodiola tangutica (Crassulaceae)
摘要: 为了明确西北地区重要药用植物唐古红景天（Rhodiola tangutica）的叶绿体基因组
结构特点、基因信息和系统发育关系，该研究利用Illumina NovaSeq6000 对基因组进行了测
序，运用GeSeq、PGA、NOVOPlasty、IRscope、MISA 等多种生物信息学分析软件对其结
构、基因功能和亲缘关系进行分析。结果表明：（1）唐古红景天的叶绿体基因组呈四分体
环状结构，由82 121 bp LSC、16 996 bp SSC 和25 873 bp IR 区构成，全长150 863 bp，总
GC 含量为37.8%，IR 区GC 含量最高（42.9%）；编码131 个基因，包括85 个PCGs、38
个tRNAs 和8 个rRNAs。（2）检测到32 471 个密码子，其中编码半胱氨酸（Cys）最少（1.18%）、
异亮氨酸（Ile）密码子占比最多（8.24%），29 种密码子的RSCU 值均大于1。（3）IR 区
分析显示，rps19 和ndhF 均向IRB 扩张。（4）系统发育分析表明，唐古红景天与四裂红景
天（Rhodiola quadrifida）的亲缘最近，分歧时间估计显示红景天属Rhodiola 物种的起源时
间平均为15.50 Mya（95% HPD：6.0-21.0 Mya）。该研究明晰了唐古红景天的叶绿体基因
组特征，获得了红景天属物种较为合理的系统发育关系，为红景天属遗传多样性研究、适应
性进化机制讨论以及种质资源保护等提供了理论依据。
版本历史
| [V1] |
2024-12-02 17:53:04 |
ChinaXiv:202412.00022V1
|
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