分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2023-08-04 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 白芷为常用的药食同源的品种，既是临床常用中药，也是香料，用途十分广泛。为 获取白芷全基因组序列信息，该研究用杭白芷叶片 DNA 为材料，采用 Nanopore 测序技术 构建杭白芷全基因组数据库，并利用生物信息学方法对获得的核苷酸序列进行组装、功能 注释以及进化分析研究。结果表明：（1）原始测序数据过滤后获得 662 Gb 三代数据，Read N50 约为 32 932 bp，经过组装得到杭白芷基因组大小为 5.6 Gb，Contig N50 约为 806 638 bp。（2）组装后的序列通过与 KOG、GO、KEGG 等功能数据库比对，得到了功能注释的 基因共有 66.47%，KOG 功能注释结果表明杭白芷的蛋白功能主要集中在一般功能预测、 翻译后修饰、蛋白质转换、伴侣以及信号转导机制；GO 功能分类表明杭白芷的基因集中 在生物学过程及细胞组分；KEGG 通路注释表明参与代谢途径的基因占主要地位。（3）杭 白芷的基因集中在 45 个 BGLU 家族基因。该研究首次利用第三代测序技术对杭白芷全基因 组进行解析，为杭白芷的系统生物学研究奠定基础，有利于进一步深入开发和利用杭白 芷，同时也对杭白芷中 BGLU 家族基因进行初步分析，为后续进一步研究 BGLU 在杭白芷 生长发育中的功能提供了重要的理论基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2021-08-09 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 为了深入发掘日本厚朴、厚朴、凹叶厚朴叶绿体基因组差异,筛选厚朴优良性状候选基因，开展三种厚朴的分子遗传研究，该文利用 Illumina HiSeq 高通量测序平台首次对日本厚朴叶绿体进行测序、组装，并与已有的厚朴、凹叶厚朴叶绿体基因组共同注释，获得三个物种叶绿体基因图谱，筛选出三个基因组中的差异基因，又与同科中 11 个亲缘物种进行叶绿体基因组比对，构建 NJ 遗传树。结果表明：日本厚朴叶绿体基因组的 Clean Reads 为 19 791 019，Q30 为 91.33%，组装后基因组全长 160 051 bp，GC 含量为 39.2%，含 tRNA 37 个，rRNA 8 个。比对分析发现三种厚朴具有相似的 IR、LSC 和 SSC 结构，以及 GC 含量和 tRNA 数量，但编码基因种类和数量、内含子和外显子的数量和结构等存在差异。日本厚朴的功能基因数目较厚朴、凹叶厚朴分别多 6 个和 4 个，主要分布于 LSC 区和 IR 区，涉及核糖体大亚基、核糖体小亚基和未知功能基因类群。系统发育分析结果进一步显示日本厚朴与凹叶厚朴亲缘关系较近，其次是厚朴。该研究表明日本厚朴具有更丰富的叶绿体基因组结构、组成和变异特征，是其适应高纬度地区弱光、低温环境的分子机制，这为厚朴类优良品种的分子选育提供有力的指导。
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