分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2020-08-03 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 植物 LysM 型类受体激酶（lysin motif receptor-like kinase，LYKs）是植物中发现的一类重要的 RLK，在植物生长发育、抵御逆境胁迫等方面具有不可忽视的作用，是植物中基因功能的研究热点。为更好地了解小立碗藓中的 LYK 基因，该文利用生物信息学的方法对小立碗藓（Physcomitrella patens）LysM 型类受体激酶基因家族成员进行鉴定及分析。通过分析小立碗藓 LYK 家族成员的基本物理信息、基因结构、染色体定位及系统发生关系，初步探讨了其 LYK 基因结构、进化与功能间的联系。结果表明：小立碗藓中共有 21个 LYK 基因，其氨基酸序列大小在 625~755 aa 之间，分子量范围为 69.54~82.02 kDa，等电点在 5.98~7.78之间。将小立碗藓所有 LYK 蛋白与 3 种典型模式植物（水稻、拟南芥和蒺藜苜蓿）的 LYK 蛋白共同构建系统进化树，所有 LYK 蛋白被分为 4 个亚组（LYK-I、LYK-II、LYR-I 和 LYR- II）。小立碗藓各亚组内成员的基因结构、保守域特征显示出较为相似的特征，由此推测其可能具有相同或相似的功能。染色体定位发现，21 个 LYK 基因集中分布于 4 条染色体上并出现小型基因簇，这可能同样与基因功能相联系。该文分析了小立碗藓 LysM 型类受体蛋白激酶基因家族的基本信息，可为后续深入研究其 LYK 基因家族成员的生理生化功能奠定基础。
分类： 生物学 >> 植物学 >> 应用植物学 提交时间： 2019-08-27 合作期刊: 《广西植物》
摘要： 扩展蛋白（Expansins, EXP）是一类基因家族，几乎参与了植物发育的全过程，从种子萌发到果实成熟都有扩展蛋白的参与。利用生物信息学的方法对小立碗藓（Physcomitrella patens）Expansin基因家族成员进行鉴定，并分析其基因结构、染色体定位及系统发生关系；结果表明小立碗藓基因组中含有Expansin A（EXPA）32个、Expansin-like A(EXLA)6个，并未发现Expansin-like B（EXLB）及Expansin B（EXPB）。扩展蛋白氨基酸序列长度在228 ~ 290之间，编码蛋白质具有两个保守的结构域Pollen_allerg_1和DPBB_1。蛋白质亚细胞定位预测结果表明：运用CELLO在线工具预测发现小立碗藓中约4/5的EXP家族基因定位于细胞外；而Euk-mPLoc预测结果则显示小立碗藓EXP基因家族成员全定位于细胞外。基因结构分析表明，小立碗藓中约68% Expansin 基因有含有1 ~ 3个内含子。本研究分析了小立碗藓扩展蛋白基因家族的基本信息，可为深入研究其扩展蛋白基因的分子进化与生物学功能奠定基础。
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