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1. chinaXiv:202003.00008 [pdf]

Germline Polymorphisms and Length of Survival of Nasopharyngeal Carcinoma: An Exome-Wide Association Study in Multiple Cohorts

Yun-Miao Guo; Jie-Rong Chen; Yan-Chun Feng; Chua, Melvin L. K. ; Zeng, Yanni ; Edwin Pun Hui; Allen K. C. Chan; Lin-Quan Tang; Lin Wang; Qian Cui; Hui-Qiong Han; Chun-Ling Luo; Guo-Wang Lin; Yan Liang; Yang Liu; Zhong-Lian He; Yu-Xiang Liu; Pan-Pan Wei; Chu-Jun Liu; Wan Peng
Subjects: Medicine, Pharmacy >> Clinical Medicine

Germline polymorphisms have been linked with differential survival outcomes in cancers but have not been well studied in nasopharyngeal carcinoma (NPC). Here, two-phase association study is conducted to discover germline polymorphisms that are associated with the prognosis of NPC. The discovery phase includes two consecutive hospital cohorts of patients with NPC from Southern China. Exome-wide genotypes at 246,173 single nucleotide polymorphisms (SNPs) are determined, followed by survival analysis for each SNP under Cox proportional hazards regression model. Candidate SNP is replicated in another two independent cohorts from Southern China and Singapore. Meta-analysis of all samples (n = 5,553) confirm that the presence of rs1131636-T, located in the 3′-UTR of RPA1, confers an inferior overall survival (HR = 1.33, 95% CI = 1.20-1.47, P = 6.31 × 10-8). Bioinformatics and biological assays show that rs1131636 has regulatory effects on upstream RPA1. Functional studies further demonstrate that RPA1 promoted the growth, invasion, migration, and radioresistance of NPC cells. Additionally, miR-1253 has been identified as a suppressor for RPA1 expression, likely through regulation of its binding affinity to rs1131636 locus. Collectively, these findings provide a promising biomarker aiding in stratifying patients with poor survival, as well as a potential drug target for NPC.

submitted time 2020-03-06 Hits13757Downloads824 Comment 0

2. chinaXiv:202003.00046 [pdf]

Cryo-EM structure of SARS-CoV spike glycoprotein in post-fusion state

Fan, Xiaoyi; Cao, Duanfang; Kong, Lingfei; Zhang, Xinzheng
Subjects: Biology >> Virology

冠状病毒SARS-CoV,MERS-CoV和新发现的2019-nCoV所引发的传染性疾病严重威胁着人类的生命健康安全。位于冠状病毒表面的spike(S)糖蛋白在病毒传播及感染过程中负责结合宿主细胞受体,融合细胞中的膜结构等关键步骤,是病毒重要的药物靶点。其中在冠状病毒中高度保守的S2亚基作为融膜机器,介导了病毒与宿主之间的膜融合过程。我们运用冷冻电镜单颗粒三维重构技术解析了SARS-CoV S糖蛋白的融膜后构象的结构,展示了S2亚基在融膜过程中的结构特点和构象变化。结合保守性比对和糖基化修饰指认,这项工作分析了位于S2亚基的潜在药物靶点,有益于相关疫苗和药物的开发和设计。

submitted time 2020-03-06 Hits12803Downloads1139 Comment 0

3. chinaXiv:202003.00009 [pdf]

浙江木犀科一新种:浙南木犀

谢文远; 刘西; 梅旭东; 陈锋; 陈征海
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

该文描述了采自浙江南部的木犀属Osmanthus Lour. 一新种—— 浙南木犀O.austrozhejiangensis Z.H. Chen, W.Y. Xie et X. Liu,并附有线描图和彩色照片。该种在具聚伞花序,叶柄、小枝、苞片、花梗被柔毛等性状上接近于毛柄木犀O. pubipedicellatus Chia ex H.T. Chang,不同之处在于叶片倒卵形、倒卵状椭圆形或椭圆形,长(5.5~)8~10(~13)cm,宽(2.2~)3~4.5(~5)cm,先端急尖或短渐尖,叶缘具尖锐细锯齿或全缘,侧脉8~10 对,花较大,花冠管长2.2~2.3mm,裂片长2.2~3.0mm,花丝长1.3~1.5mm,花药长约1.2mm。本种的发现,对研究东亚木犀属自西南向东北方向迁移与演化提供了新的材料。

submitted time 2020-03-06 From cooperative journals:《广西植物》 Hits8134Downloads427 Comment 0

4. chinaXiv:202003.00010 [pdf]

马尾松组培苗对氮素形态的生长响应

王胤; 姚瑞玲
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

马尾松属高氮需求树种,然而在苗木培育中马尾松对氮素,尤其是不同形态氮素的需求尚不明确。该文以马尾松组培苗为试验材料,采用基质培养方法,针对硝态氮、铵态氮两种氮素形态均分别设置了2、4、8、16 mmol·L-1 4 个处理,以不添加氮素为对照,对苗木的高径生长、根构型参数(总根长、总表面积、总体积、平均直径和根尖数)以及生物量的变化进行了分析。结果表明:在2~8 mmol·L-1 硝态氮处理下,除根冠比外,苗高、地径、根构型参数、生物量均不低于对照,其中以2 mmol·L-1 水平下苗木生长效果最好,苗高、地径、根构型参数、生物量均高于对照,而在16mmol·L-1 硝态氮处理下,苗高、总根长与根尖数低于对照;在2~16 mmol·L-1 供试范围内,铵态氮处理下的苗木根冠比小于对照,但其苗高、地径、根构型参数、生物量均不低于对照,整体上以4mmol·L-1 处理下的苗木生长表现最佳;在任一供氮水平,除根冠比和2 mmol·L-1 处理下的根总表面积与根尖数在两种氮素形态间无明显差异外,铵态氮处理下的苗木生长情况显著优于硝态氮处理,这说明马尾松组培苗偏好于吸收利用铵态氮。本研究初步认为,外施硝态、铵态两种氮素均能促进马尾松组培苗生长,但需控制在适宜浓度范围内,其中以2 mmol·L-1 硝态氮和4 mmol·L-1 铵态氮处理效果较佳。高浓度硝态氮会抑制苗木高度及根系发育,且在相同施肥水平下,对苗木生长的促进效果多弱于铵态氮。因此,今后为达到培育优质壮苗和提高肥效、减少肥害的目的,可考虑使用铵态氮肥。

submitted time 2020-03-06 From cooperative journals:《广西植物》 Hits8439Downloads633 Comment 0

5. chinaXiv:202003.00011 [pdf]

不同松树种间杂交类型的可育性分析

孙明升; 冯源恒; 贾婕; 杨章旗
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

探究不同松树种间杂交可育性,为松树种间杂交育种亲本选配提供依据,进而为松树的杂种优势研究积累材料。本研究利用随机区组设计,通过92 个松树种间杂交组合与20个半同胞对照,分析9 种松树种间杂交类型子代的平均球果产种数,平均球果产种量,百粒重,发芽率与成苗率5 项育性指标,综合球果、种子与苗期三方面的表现,利用模糊数学隶属函数法对不同松树种间杂交类型进行可育性综合评价。分析得出:加勒比松×湿地松(C×E)、湿地松×加勒比松(E×C)与湿地松×火炬松(E×T)三种杂交类型育性表现优于或接近相应的半同胞对照,马尾松×湿地松(M×E)、马尾松×火炬松(M×T)、马尾松×加勒比松(M×C)、火炬松×加勒比松(T×C)、火炬松×马尾松(T×M)与火炬松×湿地松(T×E)杂交类型育性表现远低于半同胞对照,表现出低育性甚至不育。综合5 项育性指标,亚组内杂交育性的整体表现明显优于亚组间杂交;湿地松与加勒比松为母本的三种杂交组合育性表现总体水平明显优于马尾松与火炬松为母本的另外六种杂交组合。9 种杂交类型中除了火炬松×湿地松(T×E)外,均获得了具有生活力的杂交子代,尤其马尾松与3 种国外松的杂交子代在相关研究中是首次获得,对松树种间杂交育种的研究具有重要意义。

submitted time 2020-03-06 From cooperative journals:《广西植物》 Hits7943Downloads470 Comment 0

6. chinaXiv:202003.00012 [pdf]

长期氮沉降下杉木人工林凋落物与土壤的C、N、P 化学计量特征

廖珂; 沈芳芳; 刘文飞; 孟庆银; 童浩; 陈官鹏; 徐晋; 樊后保
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

为研究长期氮沉降条件下林木凋落物与土壤养分之间的关系,本研究选择亚热带杉木(Cunninghamialanceolata)人工林为研究对象,模拟氮沉降处理第12 年时,分析了杉木林凋落物不同组分(叶、枝、果)与不同土层土壤(0~20 cm、20~40 cm、40~60 cm)的C、N、P 含量及其化学计量比。氮沉降处理分4 个水平,分别为N0(0 kg·N·hm-2·a-1)、N1(60 kg·N·hm-2·a-1)、N2(120 kg·N·hm-2·a-1)、N3(240 kg·N·hm-2·a-1),每处理重复3 次。结果表明:(1)凋落物各组分的C、N、P 含量及其化学计量比均高于土壤,凋落物和土壤化学计量比均表现为C/P>C/N>N/P。凋落物不同组分的C、N 含量表现为叶>果>枝,而P 含量表现为叶>枝>果。(2)12 年氮沉降增加了凋落物叶、枝和果的N 含量,增幅分别为4.24%、15.97%、6.47%。增加了凋落物枝N/P,降低了凋落物枝C 含量、C/N 和C/P。中-高(N2、N3)氮沉降增加了土壤N 含量,低(N1)氮沉降增加了土壤C/P、N/P。(3)相关性分析表明凋落物N 与土壤N 显著正相关,土壤C/P 与凋落物C/P、N/P 显著负相关,土壤P 与凋落物N/P 显著负相关。说明凋落物N 是土壤N 的重要N 素来源之一,而土壤N 可能是决定长期氮沉降后凋落物N/P 的主要因素。

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7. chinaXiv:202003.00013 [pdf]

温度对兰州百合鳞片埋培繁殖的影响

贾汝龙; ?唐楠; ?巨秀婷; ?唐道城; ?吕春娜
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

该研究以兰州百合鳞片为材料,采用温度(20、25、30 ℃)和鳞片层次(外层、中层、内层)二因素完全随机区组设计,探究了二因素对兰州百合鳞片埋培繁殖效果的影响。目的在于筛选出鳞片埋培繁殖的最适温度和鳞片层次,依此来解决兰州百合种源不足、繁育周期长的问题。通过对鳞片疑似发病率、分化率及小鳞茎分化数进行统计与分析,结果表明不同温度处理及各鳞片层次对鳞片疑似发病率、分化率及小鳞茎分化数的影响存在显著或极显著差异,具体表现为:(1)温度越高,鳞片的疑似发病率越低,在埋培2W时20℃下疑似发病率最高(38.67%),30 ℃下最低(10%);各层次鳞片的疑似发病率由高到低依次为外层>中层>内层。(2)在25 ℃和30 ℃下小鳞茎分化率最高,埋培结束(6W)时分别为91.33%和90.89%;中层及内层鳞片小鳞茎分化率极显著高于外层鳞片。(3)30℃处理下鳞片形成小鳞茎数最多,在埋培6W时达到2.00粒/片;同时中层及内层鳞片小鳞茎分化数显著高于外层鳞片。综上结果得出兰州百合鳞片埋培繁殖以选用中层(3~4层)、内层鳞片(5~7层)在25~30℃条件下繁殖效果最好。

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8. chinaXiv:202003.00014 [pdf]

生长素输出载体蛋白PIN1在作物根和胚中的亚细胞定位

武丽霞; 韩丽; ?赵宜婷; ?周璇; ?杜云龙
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

生长素输出载体在植物发育中起非常重要的作用。然而,生长素输出载体蛋白PIN1在农作物水稻、小麦、玉米和大豆的根和胚中的亚细胞定位尚不清楚。在该项研究中,我们首先分析了OsPIN1b和它的同源物的氨基酸序列特征,发现小麦(TaPIN1)、玉米(ZmPIN1b)和大豆 (GmPIN1b)中的PIN1序列与水稻的OsPIN1b序列分别具有61.5 %、62.5 %、61.9 %的相似性。我们进一步根据水稻Nipponbare的OsPIN1b的氨基酸序列,人工合成OsPIN1b多肽并注射入健康的新西兰白兔获得了抗兔的OsPIN1b多克隆抗体,在通过免疫印迹方法检测抗兔的OsPIN1b多克隆抗体的有效性后,发现可以利用该抗体可以有效检测到水稻叶片及根中OsPIN1b的表达。为检测OsPIN1及其同源物在不同作物胚根和胚中子叶细胞的定位,利用制备的抗兔的OsPIN1b多克隆抗体并通过免疫组化实验,发现水稻的OsPIN1b、小麦的TaPIN1和玉米的ZmPIN1b非极性定位在早期的胚根和胚中子叶的表皮细胞的细胞质膜上,大豆中的GmPIN1b非极性定位在胚根表皮细胞的质膜上,而在胚的子叶细胞中是胞质定位。为进一步检测水稻中OsPIN1b的亚细胞定位,对水稻根分生区表皮细胞用蛋白质转运抑制剂BFA (brefeldin A)及抗兔的OsPIN1b多克隆抗体处理后,进行免疫组化实验,发现水稻中的OsPIN1b可以通过胞吞转运途径从水稻根表皮细胞膜进入细胞质中。本研究利用抗兔的OsPIN1b多克隆抗体有效检测了OsPIN1b及其同源物在水稻、小麦、玉米和大豆的胚根表皮细胞及胚中子叶表皮细胞的亚细胞定位,这将有助于进一步揭示生长素输出载体OsPIN1b及其同源物通过调控生长素极性运输而参与作物发育的作用机制。

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9. chinaXiv:202003.00015 [pdf]

我国亚热带次生林乔木地上生物量估算的适宜样地面积初探

郑英茂; 刘立斌; 李成惠; 韦博良; 倪健; 于明坚; 刘菊莲
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

我国亚热带森林生物量估算研究常基于400-900 m2 的小面积样地,但到底多大面积样地才较为适宜却鲜有探究。该文以浙江九龙山国家级自然保护区内3 个1 hm2 样地亚热带次生林为研究对象,利用生物量回归方程估算了木本植物(胸径≥1 cm)的地上生物量,分析了地上生物量的空间分布格局,并利用移动窗口法探讨了3 个次生林地上生物量估算的适宜样地面积。结果表明,3 个次生林木本植物的地上生物量分别为63.75 Mg·hm-2(大岩前)、84.70Mg·hm-2(八通岭)和128.20 Mg·hm-2(屁股窟),地上生物量集中分配在个体数量较少的大径级个体。屁股窟次生林的地上生物量空间变异程度高于大岩前和八通岭次生林。利用移动窗口法确定的3 个次生林木本植物地上生物量估算的适宜样地面积分别为2 025 m2(大岩前)、2 500 m2(八通岭)和3 600 m2(屁股窟),森林地上生物量越高且空间变异程度越高,所需调查的样地面积越大。该文可为我国亚热带森林地上生物量估算的样地面积设置提供证据,并为该区域森林生物量与碳储量的估算提供基础数据。

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10. chinaXiv:202003.00016 [pdf]

椰子脂肪酸积累及与FatB 基因表达关系研究

周丽霞; ?吴翼; ?杨耀东
Subjects: Biology >> Botany >> Applied botany

分别对椰子果实发育四个时期的脂肪酸成分及含量变化,FatB 基因的表达变化进行分析,明确椰子脂肪酸积累及FatB 基因表达量变化之间的关系,为将来筛选控制椰子果实中低碳链脂肪酸积累的关键FatB 基因奠定基础。以海南本地高种绿椰为试验材料,参考国家标准GB/T 2906-1982 谷类、油料作物种子粗脂肪测定方法,用索氏提取法提取果肉脂肪酸,应用气质联用检测技术测定各脂肪酸含量及组分。应用qRT-PCR 对椰子脂肪酸合成相关基因FatB1、FatB2 及FatB3 进行相对定量。分析椰子果实发育四个时期脂肪酸组分及含量、脂肪酸合成相关基因FatB1、FatB2 及FatB3 表达量之间的变化趋势。结果表明:椰子油含9 种脂肪酸成分,在椰子果实发育的早期(第6、第7 个月),棕榈酸、硬脂酸和油酸的含量较高,月桂酸和肉豆蔻酸相对含量较低,通过实时荧光定量PCR 发现,此时FatB1基因的相对表达量较高。而在椰子果实发育的后期(第8、第9 个月),棕榈酸、硬脂酸和油酸的相对含量迅速降低,月桂酸和肉豆蔻酸相对含量迅速升高,FatB2 和FatB3 基因的相对表达量较高,FatB1的表达量略有降低。该研究初步掌握了椰果各发育时期FatB 基因表达量与脂肪酸成分间的变化趋势,该结果为将来筛选控制椰子果实中低碳链脂肪酸积累的关键FatB 基因奠定基础,同时为椰子脂肪酸成分的分子改良提供理论依据

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