摘要: 猴樟(Cinnamomum bodinieri)枝叶含有丰富的精油,是重要的园林绿化树种和经济树种, 但目前有关猴樟基因组学的研究报道不多。为揭示猴樟叶绿体基因组特征及系统发育关系,该文基 于高通量测序平台进行测序,从头组装了完整的猴樟叶绿体基因组,并对其基因组结构、基因构成 及序列重复、密码子使用偏好性进行分析,结合樟亚科主要属物种叶绿体基因组数据构建系统发育 树。结果表明:(1)猴樟叶绿体基因组全长 152 727 bp,包括一对 20 132 bp 的反向重复序列(IRs) 区、93 605 bp 的大单拷贝(LSC)区和 18 858 bp 的小单拷贝(SSC)区,总 GC 含量为 39.13%。(2) 该基因组共编码 127 个基因,包括 83 个蛋白质编码基因(PCGs)、36 个转运 RNA 基因(tRNAs) 和 8 个核糖体 RNA 基因(rRNAs);共鉴定出 92 个 SSR 位点,其中大部分是 A/T 组成的单核苷酸 重复序列;密码子适应指数(CAI)为 0.166,有效密码子数(ENc)为 54.68;猴樟与近缘种的叶绿 体基因组主要在 IR 区和两个 SC 区边界上存在一定的差异。(3)24 种樟亚科植物的系统发育树显 示,猴樟与樟树亲缘关系最近,同时支持了樟属-甜樟属分支(Cinnamomum-Ocotea Clade)、月桂属- 新木姜子属分支(Laurus-Neolitsea Clade)、润楠属-鳄梨属分支(Machilus-Persea Clade)的建立。该研究 丰富了猴樟遗传资源信息,进一步确定了樟亚科主要属的系统发育地位。